廣東省口腔醫院建于1962年，2017年1月1日起成建制劃轉南方醫科大學管理，更名為南方醫科大學口腔醫院（省口腔醫院、省牙病防治指導中心、廣東省口腔醫學研究院），是華南地區最具規模的集醫療、教學、科研、預防為一體的省級口腔醫院，也是我國最早建立的五大臨床口腔醫院之一。   

醫院現有三個院區：

總院區，位于海珠區江南大道南366號；

番禺院區，位于番禺區新藝路12號；

海珠廣場院區，位于廣州市泰康路178-180號。

目前有教職工997人，其中高級職稱150人，碩士171人，博士及留學歸國人員70人，博士生導師4人，碩士生導師19人。現有牙科綜合治療臺318張, 年門診量達60余萬人次，住院部及門診年手術量達８萬余例。醫院立足華南、影響力輻射港澳臺地區及海外，被評為“香港市民最信任的內地醫療機構。”

醫院是廣東省口腔醫療機構的龍頭單位，擁有國內首屈一指的口腔種植中心，每年接診的種植患者數量過萬，名列全國之首。牙周病科以全國第二名的成績摘取“國家臨床重點專科”，成為第一批國家臨床重點專科。口腔正畸正頜治療中心、唇腭裂治療中心是國內規模最大、技術力量最雄厚的專科之一。

在國內最早全面開展醫護1:1“牙科四手操作”服務，1997年在國內率先實現“一人一機一滅菌”，嚴防交叉感染。

廣東省牙病防治指導中心設在醫院，承擔起全省口腔疾病防治指導職責。自2009年以來在我省部分地區實施“窩溝封閉”和“局部涂氟”試點項目。在此試點項目的帶動下，廣州市、深圳市、東莞市政府都投入了大量資金，相繼在全市范圍內實施全覆蓋窩溝封閉項目。僅廣州市2011-2016年每年投入600-700萬元，累計封閉49萬多人，為全省齲齒和牙周病的預防做出重要貢獻，取得良好的社會效益。2015年承擔“第四次全國口腔健康流行病學調查”工作，為我省牙病防治工作取得寶貴的資料。

醫院自1995年起連續22年舉辦華南國際口腔技術研討會，成為全國口腔專業受益面最廣的繼續醫學教育項目。醫院是廣東省首批40家國家級住院醫師規范化培訓基地，是國家醫師資格考試實踐技能考試基地及考官培訓基地。 

醫院下屬企業1991年成立的粵誠牙科技術開發中心，引進德國先進的牙科工藝生產線和管理模式，成為國內第一家大型的社會化義齒加工制作中心。